9월 23일 수원전을 끝으로 그는 경기에 나서지 못했다. 그 뒤에는 백업 골키퍼인 김민식이 계속 출전했다. 김민식은 이후 5경기에서 13실점을 했고 전남의 뒷문은 불안해졌다. 끝내 김병지를 출전시키지 않았다. 아예 엔트리에서 제외되기도 했다. 김병지가 출전하지 않은 시점부터 공교롭게 전남은 순위가 떨어졌고 결국 8위로 정규라운드를 마치며 상위 스플릿 진출에 실패했다.
전남 구단이 김병지와 재계약을 하지 않기로 내부 방침을 정하고 다음 시즌을 대비해 김민식의 출전을 노상래 감독에게 강권한다는 소문이 파다했다. 올 시즌을 앞두고 전북에서 전남으로 이적한 김민식은 김병지와 치열한 경쟁을 펼칠 것으로 예상됐지만 10경기에서 21실점을 기록하는 실망스러운 모습을 보였다. 시즌 최종전에는 써드 골키퍼인 한유성이 출전해 무실점을 기록했다.
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