2006년 부천 SK는 격동의 시기를 맞이했다. 한국프로축구연맹은 2월 2일 제2차 이사회에서 부천의 제주도 연고지 이전 안건을 승인했다. 이로써 부천은 10년간의 '부천 시대'를 마감하고 '제주유나이티드 FC'라는 새로운 이름과 함께 둥지를 옮겼다.

당시 부천은 프로 스포츠의 불모지 였던 제주도를 개척한다는 정당성을 내세웠지만 연고 이전에 대한 여론의 부정적인 시각이 지배적이었다. 게다가 부천 SK의 공식 서포터스 '헤르메스'와 부천시축구협회 등 각계각층의 성토가 줄을 잇자 연고팀 창단을 기대했던 제주도민의 마음도 편치는 않았다.

환영 받지 못한 제주의 봄은 잔인했다. 시즌 개막 8일 전에야 제주에 입성한 선수들은 섬이라는 특수한 환경과 힘겨운 원정 경기 일정으로 컨디션 관리에 어려움을 겪었다. 정신적, 체력적으로 흔들리자 성적도 곤두박질했다. 제주가 전기리그에서 거둔 승리는 단 한 차례뿐. 결국 제주는 1승 6무 6패의 부진한 성적과 함께 전기리그 최하위를 기록했다.

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